Основные события игры The Callisto Protocol развернуться на Калипсо - одной из лун, вращающихся вокруг Юпитера. Именно здесь расположена тюрьма для межгалактических преступников, в которой неожиданно начинают разворачиваться драматические события.

На заключенных нападают монстры, система защиты крепости не работает, и заключенные оказываются предоставлены сами себе. Вы - один из них, и только от вас зависит выживание всего комплекса.