Сюжет Aragami 2 рассказывает о событиях, происходящих спустя 100 лет после окончания истории предыдущей части. Игроки возьмут под свой контроль последнего представителя древнего клана ниндзи, тело и разум которого подверглись воздействию странной сверхъестественной болезни. Взамен мы получили возможность управлять эссенцией тени, которая поможет противостоять врагам, атакующим родную землю героя. Проходить игру можно, как соло, так в составе группы до 3-х человек. Действовать можно (и нужно) скрытно, чтобы ликвидировать врага, не поднимая тревогу. В арсенале героя окажется не только магия, но ...