В игре Thief 3: Deadly Shadows мы вновь берем под контроль уже известного нам вора Гарретта, который продолжает заниматься в Городе своим любимым делом. Вскоре его мирный быт прерывает Артемус - один из Хранителей, который приглашает Гарретта в Орден послушать очередное пророчество. В нем неоднозначно рассказывается о неких Неописанных Временах, и о том, что в ближайшем будущем судьбу мира решит некто Брат-и-предатель.

Чтобы выяснить детали пророчества, Гарретту необходимо отыскать таинственный артефакт под названием Компедиум Бесчестия. Шныряя по городу, вор добывает ценные сведения и реликвии, которые в будущем сыграют немаловажную роль, как в его судьбе, так и в судьбе всех жителей Города.