В игре Half-Life 2 описываются события, произошедшие после того, как Гордона Фримена поместили в стазис, а землю атаковали армии Совета Альянса. После начала портальных бурь и появления тысяч монстров из мира Зен, пришельцы начали полномасштабное вторжение на Землю. Человечество пало в течение 7 часов, после чего на планете начался хаос.

Когда Гордон просыпается, он не понимает, что случилось. Загадочный G-Man сообщил ему, что в будущем "мистер Фримен совершит великие дела", но пока что нашему герою нужно банально выжить. Начать очищать Землю от сил Альянса можно начать с Сити 17 - города, население которого практически полностью подчинилось захватчикам. Некоторые очаги сопротивления все еще борются, но без помощи со стороны они также вскоре угаснут.

В ваших руках судьба целого мира, так что, не подведите, мистер Фримен.